昭宗在南山住了十多天，每天，跟随他的士人百姓都惊慌失措地相互惊叫：“邠州、岐州的军队到了！邠州、岐州的军队到了！”为保障安全，昭宗派遣延王李戒丕前往河中，催促李克用率部救驾。二十七日，李克用奉昭宗旨意，率领河东军队从河中出发，前往南山。听说李克用动身了，昭宗急忙派供奉官张承业前往河东军的军营，进行洽谈。
张承业是同州人，多次奉昭宗的谕令出使河东，一来二往的，和李克用混熟了。李克用觉得他不是一般的宦官，是个难得的人才，干脆把他留在自己的军营里，担任监军，代朝廷行监视之责。八月初五，李克用命令军队向渭桥开进，派遣属下将领李存贞为前锋。初七，李克用攻克永寿，又派遣大将史俨带领三千骑兵去石门护卫昭宗。
初九，李克用派遣李存信、李存审会同保大节度使李思孝攻打在梨园寨的王行瑜，擒获王行瑜的将领王令陶等人，送往南山昭宗那里治罪。李思孝本姓拓跋，是拓跋思恭的弟弟。李茂贞兵败，非常恐惧，斩杀李继鹏，把头颅传送到石门镇昭宗的驻地，向朝廷进呈表章请求治他的罪，并且派出使者向李克用求和。
为表示亲密关系，昭宗下诏，命令延王李戒丕、丹王李允带着御衣、御酒，到河中去拜李克用为兄长。私下里，延王传昭宗密旨，说：“要不是爱卿及时赶到，朕差点成了逆贼的下饭菜。朕最担心的是两个逆贼勾结起来，势力大了，难以剪除。暂时赦免李茂贞，联合各路军队全力讨伐王行瑜，等到把王行瑜消灭了，朝廷会再与爱卿商议怎么处置李茂贞。”
十四日，朝廷撤掉王行瑜党内党外一切职务。十九日，朝廷任命李克用为邠宁四面行营都招讨使，保大节度使李思孝为北面招讨使，定难节度使李思谏为东面招讨使，彰义节度使张燔为四面招讨使。
见皇帝又是封官，又是称兄道弟，李克用觉得自己也得有所表示。他命监军李承业带着他的儿子李存勖去皇帝的驻地，代他致以谢意。存勖到了昭宗的驻地，见皇帝坐在高高的位子上，他大大方方行了一个叩拜礼，道：“存勖代父王向皇帝陛下致以谢意，恭请皇上圣安。”说完之后，存勖站在一旁，等皇上回话。
昭宗刚开始不以为意，觉得李克用派一个小孩子来，有点不高兴。可一听存勖的谈吐，一见存勖的容貌，他马上感觉出这个小孩非同一般。昭宗下了龙椅，走下台阶，走到存勖面前，拉着他的手，问道：“你多大年纪了？”
存勖扬起天真的脸，答道：“回皇帝陛下，我十一岁。再过四年，我就可以像我父王一样，为国家效力了。”“不错，不错。”李克用是在十五岁的时候，跟随他的父亲冲锋陷阵。这个情况昭宗听说过，故而听存勖这么一讲，他连声夸奖。
昭宗又拉过存勖，仔细打量了一下，点头称赞，说道：“这孩子真是长相出奇！”然后，他抚着存勖的背，赞道：“存勖，你一表人才，一点不会亚于你父亲的，将来一定会成为国家的栋梁，到时候不要忘了为我大唐尽忠尽孝啊！”“李亚子”原来是昭宗喊出来的，僖宗的眼光不错，遗憾的是李亚子长大以后，孝是尽得可以，忠就尽得不怎么样了
随后，李克用又上表请昭宗回长安去住。昭宗当即表示同意，命令李克用派遣骑兵三千驻扎三桥作为防备。二十七日，昭宗的车驾顺利返回京师。只是他不能住到宫殿中去，因为宫殿被焚烧了，还没来得及修建整理。
昭宗挑选了一下住处，觉得尚书省的衙门好一些，就选了那里。他是有地方住了，可苦了尚书省的官，之前因为跟着皇帝逃亡，把朝服、象笏丢了，仆役、马匹更不用说，这下连办公的地方都没了。宰相孔纬更惨，在路上得了风寒，没来得及回长安就一命呜呼。
叛乱即将平定，朝廷开始论功行赏，调动大伙的积极性。根据李克用的建议，朝廷任命护国留后王珂、卢龙留后刘仁恭分别充任本镇的节度使。昭宗又下诏，命李克用担任行营都统，命昭义节度使李罕之任检校侍中，充任行营副都统，负责保障他的安全。
王行瑜兄弟蜷缩在梨园，惶惶不可终日。九月份，李克用率部继续猛攻梨园，想一举消灭王行瑜兄弟。昭宗根据李克用的请求，命李茂贞返回凤翔镇所。李克用还想请昭宗革除他的一切官职爵位，再分兵讨伐李茂贞。昭宗认为李茂贞已经诛杀李继鹏，前些时候赦免了他的罪过，不便重新颁诏将他革除官职进行征伐。他颁布诏书，命令李克用与李茂贞和解。
河东大将史俨在云阳打败王行瑜的宁军队，擒获云阳镇使王令诲等人，进献给朝廷；十月初三，河东大将李存贞又在梨园寨北部打败王行瑜的军队，斩杀一千余人。从此，梨园寨关团营垒，不敢再出寨迎战。
昭宗有个妃子，叫魏国夫人陈氏，才能姿色在后宫堪数第一。为表彰李克用的功绩，昭宗把陈氏赐给李克用。有人感叹，昭宗就不担心自己做元绪公吗？元绪公是什么意思？民国作家的演义小说，喜用“元绪公”一词，是指世间做丈夫的，纵妻外淫，即今俗语所谓“乌龟”，又称“王八”。由于乌是绿色的，故此类丑闻又叫“戴绿帽子”。
小子有考据的癖好，觉得这样的说法有点难以理解，便查阅了一下史书，还真有所得。原来，这个说法和南朝刘宋人刘敬叔的《异苑》中一则故事有关。
“东吴孙权时，有人在浙江永康县山里捉到一只大乌龟，就把它捆扎起来带回家，这时，大乌龟突然开口说话：“唉，出来的真不是时候，被你捉住了。”那人很奇怪，便坐着船准备将龟送给孙权。晚上，他把船系在江边的大桑树下，在那里停宿。半夜三更，他听见大桑树对大乌龟说：‘受苦了元绪公，你怎么会弄成这样？’大乌龟说：‘我被人抓住，马上就要被人煮了吃，但不要紧，他们即使烧尽南山上所有的柴火煮我，也不能把我煮烂。’桑树说：‘听说朝廷中有个叫诸葛元逊的人，他知识丰富，一定会要你命的。如果用我们这些大桑树来煮你，那你怎么办？’大乌龟说：‘子明，你不要再多说了，恐怕你也逃不了这场大祸。’桑树听了，就沉默不语。
到了南京，大乌龟被送到了孙权那儿，果然烧了很多柴还是煮它不烂。诸葛恪就说：‘用老桑树煮一定可以煮熟。’捕龟人就把在途中听到的乌龟和桑树的对话告诉了孙权。孙权听了，命令砍倒大桑树并运来做柴薪，没多久就把龟煮烂了。现在的人煮乌龟多用桑树，老百姓就把乌龟称作元绪。”